De wetenschappelijke collecties van het Allard Pierson zijn opgebouwd uit diverse verzamelingen die de geschiedenis van wetenschap en onderzoek aan de Universiteit van Amsterdam weerspiegelen. Belangrijke collecties zijn die van de Artis Bibliotheek, het Koninklijk Wiskundig Genootschap, de Koninklijke Nederlandsche Maatschappij tot bevordering der Geneeskunst en de Heertje Bibliotheek op het gebied van economie. De collectie omvat gedrukte werken, handschriften, archieven, gipsen, foto’s en wetenschappelijke instrumenten, met materiaal uit alle periodes, van de Middeleeuwen tot heden. De collecties bestrijken uiteenlopende wetenschappelijke disciplines, zoals pedagogie, kunstgeschiedenis en informatica, en zijn waardevolle bronnen voor onderzoek in deze vakgebieden.
Verzamelgebieden

Het Allard Pierson bezit een grote natuurhistorische collectie met focus op botanie en zoölogie, inclusief 20.000 boeken, 3.000 handschriften, 70.000 dierprenten, en archieven van botanici en zoölogen. De collectie omvat werken uit de 16de-20ste eeuw en is uitgebreid met ecologie en biodiversiteitsthema’s.

Het Allard Pierson beheert uitgebreide geneeskundige collecties, waaronder boeken, handschriften, brieven en archiefmateriaal over anatomie, chirurgie, farmacie en sociale geneeskunde. Belangrijke bruiklenen zijn van de Koninklijke Maatschappij voor Geneeskunde, met werken over Herman Boerhaave en Petrus Camper. Ook bevat de collectie foto’s van ziekenhuizen en medische archieven.