De zwaartepunten van de collecties zijn bronnen afkomstig van joodse en christelijke minderheden vanaf de 13de tot en met de 20ste eeuw uit voornamelijk Amsterdam. Ze vertellen ons over hoe ze leefden, welke gebruiken ze hadden en hoe ze naar de wereld keken. Elk van deze groepen had een sterke eigen identiteit die haar neerslag vond in tekst en beeld. De collecties boeken, prenten en handschriften in het cluster geestelijk leven zijn gevormd rondom en dóór deze groepen.
Verzamelgebieden
Dit verzamelgebied wordt afgedekt door de Bibliotheca Rosenthaliana, die het overgrote deel van de collecties van de Universiteitsbibliotheek op het terrein van de joodse cultuur en geschiedenis herbergt. De bibliotheek omvat inmiddels ongeveer 120.000 handgeschreven en gedrukte bronnen
Religieus drukwerk is altijd al een van de zwaartepunten geweest van de Universiteitsbibliotheek. Omvangrijke bruiklenen zijn de bibliotheken van de Verenigde Doopsgezinde Gemeente Amsterdam, de Remonstrantse Gemeente Amsterdam, het Evangelisch Luthers Seminarium en het Begijnhof Amsterdam.
In 2020 werd het Rijksdeel van de Bibliotheca Philosophica Hermetica als een langdurige bruikleen toegevoegd aan de collectie van het Allard Pierson. Dit is een unieke verzameling van circa 4.400 zeldzame manuscripten en gedrukte werken uit de hermetische traditie in Europa tot ca. 1900.
